m6A修飾圖譜構(gòu)建及作用機(jī)制:通過m6A甲基化測(cè)序(MeRIP-Seq,miCLIP)構(gòu)建疾病細(xì)胞模型或者發(fā)病組織的m6A修飾譜,分析m6A的motif,peaks數(shù)量及分布,Peak關(guān)聯(lián)基因的特征,聯(lián)合RNA-seq研究m6A甲基化與表達(dá)的關(guān)系。m6A研究思路方案一方案二研究案例1、.(IF=)為研究ALKBH5的m6A作用機(jī)制,作者利用芯片和m6A-seq篩選到膠質(zhì)瘤增殖相關(guān)的FOXM1,通過qPCR、WB、免疫熒光、核質(zhì)分離WB/qPCR、RIP和MeRIP等實(shí)驗(yàn)證明ALKBH5通過去甲基化調(diào)節(jié)FOXM1在GSCs中的表達(dá)。為研究ALKBH5對(duì)FOXM1的作用是否受其他因子的調(diào)節(jié),作者研究了FOXM1的鄰近基因,發(fā)現(xiàn)lncRNAFOXM1-AS與FOXM1序列互補(bǔ),且共表達(dá)、共定位,進(jìn)一步通過RIP,RNApulldown等實(shí)驗(yàn)證明lncRNAFOXM1-AS促進(jìn)ALKBH5和FOXM1初級(jí)轉(zhuǎn)錄本的相互作用。通過細(xì)胞實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步驗(yàn)證ALKBH5在lncRNAFOXM1-AS的作用下維持FOXM1的表達(dá)和細(xì)胞增殖,從而維持GSCs的干性。圖3ALKBH5敲除細(xì)胞中m6A修飾的特征和基因表達(dá)的變化2、RNAN6-methyladenosinemethyltransferaseMETTL3promoteslivercancerprogressionHepatology,2017.(IF=)表觀遺傳改變極大地促進(jìn)了人類癥的發(fā)生。傳統(tǒng)的表觀遺傳研究主要集中在DNA甲基化,組蛋白修飾和染色質(zhì)重構(gòu)。近。腫瘤細(xì)胞具有極強(qiáng)的增殖能力,在一個(gè)適宜,裸鼠成瘤是常見的驗(yàn)證腫瘤細(xì)胞體內(nèi)增殖模型。云南外包科研技術(shù)服務(wù)分離
把膜先用TBST泡洗兩遍再用5%脫脂奶粉或者BSA室溫封閉1-2小時(shí)。注意一定要讓蛋白面充分接觸封閉液。2、孵一抗脫脂奶粉封閉的話,要用TBST泡洗三遍再轉(zhuǎn)移至一抗溶液中,BSA封閉的可以直接轉(zhuǎn)移至一抗中。如果膜的寬(膜是一個(gè)長方形,這里的寬與長相對(duì)應(yīng))不大于8毫米,我習(xí)慣置于15毫升離心管中孵育,兩條膜"背對(duì)背"式放置于一個(gè)管子里(3毫升液體即可)。如果大于8毫米,就用普通的5格的一抗孵育盒(4毫升即可)。4度過夜,一般是12-18個(gè)小時(shí),注意放置水平,用搖床。內(nèi)參等蛋白豐度很高的如果孵久了可能出現(xiàn)條帶連在一起的情況,這時(shí)可以縮短孵育時(shí)間或者降低一抗的濃度。六、孵二抗顯影1、孵二抗室溫一個(gè)小時(shí)足矣。這步要注意的是建議用5%BSA或者脫脂奶粉稀釋二抗,這樣背景會(huì)干凈許多。也要注意膜的蛋白面要充分接觸二抗溶液,我們一般一條膜一個(gè)槽地孵。2、顯影這一步有個(gè)細(xì)節(jié)可能有些同學(xué)沒注意到,就是ECL發(fā)光液要與HRP反應(yīng)一分鐘后顯影效果才會(huì)更好,還有要注意的是顯影液要均勻覆蓋,一般第二次顯影(加新的顯影液)比一次好看。浙江疾病模型科研技術(shù)服務(wù)構(gòu)建盡管存在挑戰(zhàn),動(dòng)物疾病模型的發(fā)展前景仍然值得期待。
二甲苯Ⅰ、Ⅱ各15min至透明。(2)放入二甲苯和石蠟等量混合液處理15min,再放入石蠟Ⅰ、Ⅱ透蠟各50~60min。透蠟在恒溫箱內(nèi)進(jìn)行,箱內(nèi)溫度保持在55~60℃左右。4、包埋(1)用鑷子夾取蠟?zāi)T诰凭珶羯仙约訜?,并倒入少許從溫箱中取出的純石蠟。(2)再將鑷子在酒精燈上稍加熱,夾取材料將切面朝下放入蠟?zāi)V校帕姓R,再放上包埋盒,輕輕倒入熔蠟。5、切片、展片、貼片(1)將包埋好的石蠟塊固定在切片機(jī)上,調(diào)整厚度調(diào)節(jié)器到所需的切片厚度,一般為4~6μm。(2)切下的組織薄片要放到加熱的水中燙平,再貼到載玻片上,放45℃恒溫箱中烘干。二、HE染色1、脫蠟、復(fù)水(1)保持水浴鍋溫度為60℃,將切片放入干燥的染色缸內(nèi),放入水浴鍋中,30min至蠟熔化。(2)石蠟切片經(jīng)二甲苯Ⅰ、Ⅱ脫蠟各5min,然后放入100%、95%、90%、80%、70%各級(jí)酒精溶液中各3~5min,再放入蒸餾水中3min,以便染料可以進(jìn)入組織。2、染色、脫水(1)切片放入蘇木精中染色約10~30min,用流水沖洗約15min,使切片顏色變藍(lán)。(2)將切片放入1%鹽酸乙醇液中褪色,幾秒后見切片變紅、顏色較淺即可,后將切片再放入流水中使其恢復(fù)藍(lán)色。(3)切片放入50%、70%、80%乙醇中各3~5min。
小鼠尾尖用酒精擦拭尾巴,引起輕微的血管擴(kuò)張;用無菌手術(shù)刀、刀片或鋒利的剪刀,快速截?cái)嘈∈笪布?-2毫米。如果需要多次,之后每次需截除2-3毫米;從尾部像尾尖方向按摩,增加血流;用采集血液;結(jié)束后,按壓傷口或使用止血?jiǎng)﹣碇寡?;每次量大約可達(dá)。小鼠眼球取血單手保定好小鼠;必要時(shí)剪掉小鼠胡須,防止污染血液;輕壓取血側(cè)眼部皮膚,使眼球充血突出;用彎頭鑷夾取眼球并快速在摘??;同時(shí)用左手中指輕按小鼠心臟部位,以加快心臟泵血速度;當(dāng)血液流盡時(shí),用脫臼法處死小鼠;大鼠眼眶取血先將小鼠進(jìn)行麻醉,大鼠翻正反射消失時(shí)不在繼續(xù)麻醉;抗凝處理過的玻璃毛細(xì)采樣管,掰成2-3厘米長度;右手食指和拇指輕按眼眶兩側(cè)皮膚,使眼球突出,毛細(xì)管從內(nèi)側(cè)的眼球與眼瞼的縫隙處進(jìn)入,輕輕旋轉(zhuǎn)毛細(xì)管,稍微深入眼球后上方,血液流速快的時(shí)候4-5滴即可,溫柔的將毛細(xì)管取出;用棉簽按壓大鼠眼眶止血,每次可取血50-100微升,將血液放入冰盒中保存。小鼠心臟取血先將小鼠麻醉,稍靠右側(cè)平躺在手術(shù)板上固定;左側(cè)第三四根肋骨間觸摸心臟,跳動(dòng)明顯,慢慢進(jìn)針;針有回血停止進(jìn)針,開始取血;一次可以300到500微升,小鼠存活,放到加熱墊上待小鼠蘇醒后放入籠中??蒲行“兹绾蚊髯约旱念A(yù)實(shí)驗(yàn)。
靜置25分鐘后把酒精倒干,用吸水紙吸出多余的酒精,然后配壓縮膠,同樣的操作,關(guān)鍵是梳子要插得快,要小心梳子下產(chǎn)生氣泡,然后靜置30分鐘。如果是當(dāng)天跑膠,我會(huì)等上層膠凝2個(gè)小時(shí)再用,但要注意防干燥縮水,可以在一個(gè)小時(shí)的時(shí)候沿著梳子上緣加點(diǎn)電泳液。所以我一般提前一晚制膠,泡于純水或者電泳液里置于4度冰箱暫存。三、蛋白電泳1、上樣前準(zhǔn)備把膠組裝到電泳芯上,注意密閉性(否則漏液),如果內(nèi)槽漏液就不是勻強(qiáng)電場(chǎng)了,條帶可能就不是一條直線。然后內(nèi)槽倒?jié)M電泳液,拔梳子,這一步要小心,梳子要兩邊一起緩緩?fù)习纬?,然后觀察泳道內(nèi)有無脫落的膠粒或者膠絲,有的話用1毫升注射器吸出。然后從冰箱取出蛋白樣品,解凍。準(zhǔn)備振蕩器。2、上樣和電泳注意,上樣后蛋白會(huì)開始慢慢在膠中彌散,所以上樣越快越好。我習(xí)慣先上蛋白Marker,再上蛋白樣品,蛋白上樣前確保樣品完全解凍和充分振蕩(推薦使用振蕩器振蕩),吸的時(shí)候沒有拉絲即可,建議上樣分鐘把樣品從冰上取出來,不然樣品中SDS可能會(huì)結(jié)晶析出,從而影響電泳效果。上層膠80V25分鐘,下層膠120V65分鐘。四、轉(zhuǎn)膜1、轉(zhuǎn)膜前準(zhǔn)備我會(huì)在電泳結(jié)束0分鐘準(zhǔn)備,把轉(zhuǎn)膜液配好置于4度冰箱預(yù)冷,然后裁膜,準(zhǔn)備轉(zhuǎn)膜裝置。動(dòng)物疾病模型:為人類健康保駕護(hù)航。山西組織科研技術(shù)服務(wù)分離
細(xì)胞是生命的基本單位,所有生物體都是由一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞組成的。下面就跟著上海東寰一起看看吧。云南外包科研技術(shù)服務(wù)分離
代謝組學(xué)的研究對(duì)象大都是相對(duì)分子量在1000以內(nèi)的小分子物質(zhì),因此常用的血液樣本在取樣后,應(yīng)小心操作,防止溶血,盡快分離出血清,分置于溫環(huán)境下保存。由于用于理實(shí)驗(yàn)的動(dòng)物采集相對(duì)其他樣品的采集,操作更繁瑣,在處理過程中許多細(xì)節(jié)容易忽略,造成數(shù)據(jù)不完美(甚至不能用)。因此接下來將重點(diǎn)介紹樣品采集的注意事項(xiàng)及其固定。樣品采集注意事項(xiàng)應(yīng)新鮮,操作時(shí)間盡可能短,否則細(xì)胞發(fā)生死后變化、自融及現(xiàn)象。是動(dòng)物心臟還在跳動(dòng)時(shí)采集,樣本取出后在5分鐘以內(nèi)置于固定液內(nèi),避免長時(shí)間暴露在空氣環(huán)境中。塊盡量小而薄。塊的厚度以不超過5mm為宜,較為理想的厚度為2mm左右,主要目的是使固定液迅速而均勻的滲入塊內(nèi)部。勿使塊受擠壓。在采集過程中,應(yīng)盡量選擇較為鋒利的手術(shù),如手術(shù)刀片等,避免操作過程中擠壓挫傷標(biāo)本。擠壓過的均不可用。固定液的量一般以塊大小的20倍為宜,能夠在容器內(nèi)自由移動(dòng)。盡量保持的原有形態(tài)。新鮮經(jīng)固定后,或多或少產(chǎn)生收縮現(xiàn)象(如胃腸),為此可將展平,以盡可能維持原形。保持清潔。塊上如有血液、污物、粘液、食物、糞便等,可用生理鹽水沖洗,然后再入固定液,但要注意防止損傷。要熟悉采集部位。要能準(zhǔn)確的按解剖部位采集。云南外包科研技術(shù)服務(wù)分離